Dos incidentes durante su estadía en Padua son dignos de ser contados: En una oportunidad es atacado por varios estudiantes para tratar de humillarlo por ser tan piadoso. Pero como en París había aprendido muy bien el arte de la esgrima, los derrota con su espada pero los deja ir ilesos. En una segunda oportunidad los estudiantes corrompidos preparan a una mujer impura para que con pretexto de visita de estudios tentara a Francisco. Este la hace salir huyendo avergonzada de haberse atrevido a tratar de hacer pecar a una persona que vivía su convicción.

Estos dos hechos se hicieron muy conocidos en toda la ciudad, y en el día en que la Universidad le confirió el doble doctorado en Derecho y Teología, el Rector lo elogió públicamente por tan valientes actitudes.

Así, en 1593 fue ordenado sacerdote y gracias a la influencia de su padre, le fue otorgado el cargo de Proboste (superior) de su Capítulo. Cada vez era más claro que San Francisco no era un prelado mundano, a pesar de la práctica normal de darle a los miembros de familias nobles altos cargos eclesiásticos.